보건의료 분야의 획기적 발전은 5·16군사정변 이후 본격화된 근대화과정에서 이룩되었다. 1962년부터 착수된 경제개발5개년계획에 보건사업이 포함되어 국가계획의 일환으로 추진되었다. 이로써 의료의 목적이나 철학은 환자 중심에서 지역사회 중심으로, 의료의 책임도 개인과 의료인 간의 개별적 책임에서 공공의 책임으로 전환하기 시작하였다.
제1차 경제개발5개년계획(1962∼1966)의 주요 정책과제는 600여 개의 무의면(無醫面) 해소, 예방약품의 대량생산, 의약품의 국내생산 장려, 각종 전염병 예방, 결핵 및 나병 관리, 가족계획의 장려 등이었다. 특히, 이 기간에 시·구·군 행정단위로 보건소가 1개 소씩 설치 완료되었고, 인구증가억제책의 일환으로 가족계획사업이 정책적으로 채택되어 전국 보건소망을 통해 광범하게 체계적으로 실시되었다.
이어 제2차 경제개발계획기간(1967∼1971) 동안에는 보건정책의 중점을 질병의 예방 및 관리, 가족계획사업 강화, 보건의료망의 확대 등에 두었다. 가족계획과 결핵관리가 강화되고, 읍·면 단위에 보건지소가 확충되었다.
제3차 경제개발계획기간(1972∼1976)에는 보건의료시설의 확대와 의료인력 확보, 질병예방 및 관리 강화, 가족계획사업의 계속추진 등에 정책적 관심이 주어졌다. 이 기간에 투자면에서 농촌지역 안전수(安全水) 공급을 위한 간이상수도와 위생적 우물 설치에 높은 우선순위가 주어졌고, 정신질환자를 위한 병상이 증설되었다.