안중근은 이에 맞서 자신의 립장과 관점을 당당하고도 엄정히 표명하였다. "현명하게 건재하는 한국황제(고종을 지칭)를 페위시키고 현 황제(순종을 지칭)를 옹립하여 치적이 미흡하니 이는 절대로 한국의 진보가 아니다", "방금 말한 사실들이 한국의 진보라고 생각지 않는다."고 하였다.

　　1909년 11월 3일, 안중근은 려순 일본관동도독부 감옥에 압송되였다. 11월 6일(제2차 심문 전) 안중근은 친필로 쓴《이등박문죄행》15조와《한국인 안응칠의 마음》을 동시에 일본당국에 건네주었다. 전문(前文)은 사실 안중근이 2천만 한국 국민을 대표하여 쓴 이등단죄서였고 후문(後文)에는 "소위 이등박문이란 자는 천하대세를 깊이 헤아리지 못하고 참혹한 정책을 람용하니 동양 전체가 장래 어육지쟁을 면치 못하리. 천하대세를 깊이 우려하니 뜻있는 청년들이 어찌 속수무책으로 앉아서 죽기를 기다리랴? 하여 본인이 생각 끝에 할빈의 만인 앞에서 총성을 울렸으니 이등 늙은 도둑의 죄악을 성토하고 동양의 뜻있는 젊은이들에게 경종을 울려주기 위함이였다"고 하였다. 개괄하면 세계대세를 보는 눈으로 이등을 죽인 정당성과 목적을 천명한것이다. 비록 몸은 일본감옥에 있으나 안중근은 여전히 의병중장과 특파 독립대장의 신분으로 "할빈에 와서 전쟁을 개시"한 립장을 견지하면서 적을 멸시하고 적의 법정을 새로운 전장으로 삼아 주동진공의 자세를 취하여 전투를 계속하였다.

　　그후 열번이나 되는 심문중 안중근은 여러차례 이등의 죄행을 폭로하였다: "이등은 미친듯이 한국을 병탄하려 했다", "이등의 정책은 아주 잘못된것이다.", "그 조약(5조, 7조)은 이등이 무력으로 황제를 핍박하여 승인한것이다", "일본은 한국을 먹이로 여긴다. 사실상 이 3년간 이등은 한국의 모든 유용한 인재를 거의다 도살하다싶이 했다", "일본이 한국에 해준 위생, 교통 등 시설은 모두 일본인을 위한것이지 한국을 위해 한것이 아니라고 생각한다" 하지만 이등은 일본의 보호는 한국국민이 희망하는것이라고 떠들면서 일본천황과 일본민중을 기만하였다.

　　1910년 2월 7일, 안중근에 대한 공판이 시작되였다. 200여개의 방청석은 빈자리가 없었다. 일본인이 위주였고 외국기자와 외국변호사, 한국인들도 있었다. 진술에서 안중근은 "세인의 오해를 없애기 위해 이등의 죄행을 폭로해야겠다.", "이등은 한국국민을 도살하기를 파리 죽이듯하였고", "한국을 강박하여 5조와 7조를 체결하였고", "한국황제를 페위시키고 한국이 날로 퇴페해지게 하였다" 하여 한국국민들은 "모두 이등을 원쑤로 생각한다". 검찰관과 변호사 모두 이등통감의 시정방침이 "완미무결하며 내가 이를 오해하여" 오살한것이라고 하는데 "그건 틀린 말이다. 난 오해하지 않았을뿐더러 아주 잘 알고있다." 내가 이등을 죽인건 "사적인 원한에서가 아니라", "한일관계에 기인하여 정치적으로 행한것이다", "나는 의병중장의 명의로 이등을 죽인것"이지 "절대 오해로 죽인건 아니다", 때문에 "나는 잘못이 없다"고 천명하였다.

　　안중근은 조리정연하게 이등의 죄행을 폭로하고 론리있게 일본법관이 자신에게 씌워준 "오해살인"의 죄목을 부정하여 정의감있는 일본인과 세인의 공명을 불러일으켰다. 공판을 방청한 영국기자 찰스는 귀국후 평론문장에서 "세계적인 재판에서 승리자는 안중근이였다. 그는 계관을 쓰고 자호감 넘쳐 법정을 떠났다. 그의 입을 통해 이등박문은 가증스런 독재자로 묘술되였다."고 하였다.

　　당시《만주일보(满洲日报)》는 안중근이 진술하는 장면을 "안중근의 진술은 확고하고 심오하였고 일본인과 첨예하게 맞서 정의의 기세로 각종 오론을 반박하였다. 그의 말은 강물처럼 도도하게 흘러나왔고 첨예한 눈빛은 번개처럼 적들의 간담을 서늘하게 하였다" 고 묘사하였다. 1910년 3월 25일 출판한《동방잡지》는 "목소리가 우렁차고 눈과 코에서 불을 토하면서 이등 난신적자를 질책하였다"고 안중근의 진술상황을 묘사하였다.